遅刻3回で1日欠勤にしもいいのでしょうか?


輸入食器の小売店に人事担当として転職しました。
給与業務を引き継いだのですが、疑問に思う社内のルールがあります。
それは、たとえ1分でも遅刻を3回すると、1日欠勤したものとみなし、その分の金額を基本給から差し引いていることです。
前任者に尋ねると、社内規定としては決まっていないが社長の指示とのこと。
オーナー企業で「社長がルールブック」という体質ではあるのですが、法律違反ではないでしょうか?

今回のケースでは、法令違反の可能性がありそうです。
労働基準法には「賃金全額払いの原則」というものがあり、働かなかった時間の給与を支払う必要はありませんが、それを超える時間分まで欠勤控除をすることはできません。
遅刻した時間の合計時間が8時間未満なのに、8時間分の基本給を減額すればそれは控除ではなく「懲戒(ペナルティー)処分」です。
ちなみに、就業規則で「遅刻を3回した場合は給与1日分を減額する」と決めることは有効ですが、この場合でも運用には注意が必要です。
懲戒としての減給の上限額を定めていること、上司の指導や始末書の提出、訓戒などを経て減給するというような懲戒の運用ルールに則って厳格に行うべき事項です。